世界にたった一人の存在、魔法工学師（マギクラフト・マイスター）。その後継者に選ばれたのが主人公・二堂仁だ。しかし、転生した研究所には豊富な資材こそあれ食料の類は皆無。１０００年もの間、後継者を探していた自動人形（オートマタ）を修復することはできても、自らの腹を満たすことは不可能の仁であった。
やがて転移門（ワープゲート）を使い外出を試みた仁は、暴走により見知らぬ土地・カイナ村なる農村へと飛ばされてしまう。しばらくはこの地に留まり、発明を続けていく事にする仁。
一方、覚醒した自動人形は自ら転移門へとその身を投じ、主の捜索へと旅立つ。
仁と自動人形との再会や如何に？　クラフト系漫遊記始動です！