パイロットの『思念の力』を拡張させ、物理的な戦闘力へと変換する人型機動兵器『ドウル』。
　その最強部隊『ソフィア』への入隊を目的とした訓練校に、早乙女蒼生が入学して丸三ヶ月が経った。
　蒼生の姉・朱理、『ソフィア』のエクサ―という素性を隠す玲音、反体制組織『ゲノムス』加入を偽装する龍一の四人は、日々、ドウルマスターとしての訓練に励んでいた。
　時を同じくして、地球では『ゲノムス』によってポリス反乱軍が蜂起するも、『ソフィア』により一瞬で鎮圧される。
　この結果は、『龍一脱走作戦』の早期決行を意味した。そして迎えた、クリスマス前の訓練航海。
　玲音専用『ミスティムーン』、龍一専用『マクリール』、そして蒼生専用ドウル『インドラ』による、互いの素性を知らない三体の激突が始まる――！