キキととんぼさんが結婚してから13年。
キキの子どもたちは、双子なのに性格は正反対です。
元気で活発なお姉さんのニニは、魔女にはあまり興味がなさそう。
一方、物静かな弟のトトは、魔女に興味津々。魔女になりたいのに男だからという理由で慣れないトトは不満を募らせていくが……。
13歳になって旅立ちのときを迎える二人と、見守るキキをはじめコリコの町の人たちが爽やかに描かれる、大人気シリーズついに完結！