延宝八年、徳川四代将軍家綱の死去と同時に、後継者をめぐって劇的な政変が起きた。新将軍には、若年寄堀田筑前守が擁立する綱吉が就任、それまで権勢を誇っていた大老酒井雅楽頭（うたのかみ）は失脚した。そして、それに伴い、公儀隠密の要職にあった伊賀組が解任され、替って根来（ねごろ）衆が登用されたのである。主命を受けた若き二人の根来忍者、秦漣四郎と吹矢城助は、隠密として初仕事に勇躍、江戸を後にした。だが、彼らの行く手には、復讐の怨念に燃える伊賀忍者たちの執拗な妨害が……。