滅亡世界で突然現れた少年がミレイを誘拐!?

隕石によって滅亡した地球にとり残された、"悪の科学者"ノワールと"聖女戦士"ミレイ。
敵同士の二人は旅を続けながら少しずつ絆を深めていくが、
ミレイは自分の過去の記憶が曖昧なことに違和感を覚えはじめていた。
そんななか、「ブラン」と名乗る謎の少年がミレイの前に姿を現し――？