名だたる刀剣が戦士へと
姿を変えた存在・刀剣男士たち。
とある本丸にて、十五振りの刀剣男士は
主をなくし漂流していた。
そんな彼らを突如、歴史改変を目論む
時間遡行軍が襲撃する。
その後、時の政府から彼らに「強襲調査」という名の
任務がもたらされ――？