２年最後の「学年末特別試験」を経て、３年生をＡクラスで迎えるにいたった堀北たち元１年Ｄクラス。だが最大の立役者・綾小路清隆がクラス移籍をしてしまう。堀北クラスの生徒たちは混乱と混沌の感情に陥るが――たった一つの残酷な事実がそこには存在していた。堀北たち３年Ａクラスは、『綾小路清隆』に勝利せねば、Ａクラスで卒業できない。
成長を見せる龍園とＢクラス、綾小路のＣクラスと一之瀬のＤクラスに新たな繋がりが生じる中、３年最初の特別試験『全体、少数戦学力総合テスト』が発表される！　Ａクラスで卒業できるのはたった１クラス。頂点に立つのはどのクラスなのか！　待望の『３年生編』スタート！