新年度を迎え、白井黒子ら新入生が常盤台中学へと入学してきた。その矢先、学園都市では常盤台中学と関係の深い要人や企業を狙い能力を使った事件が続発。常盤台中学の全生徒へ疑いの目が向けられ、御坂美琴と食蜂操祈も監視下に置かれてしまう。そんな中、風紀委員として事件の情報を集める白井黒子は、一七七支部のパソコンに残されていたあるメッセージに気が付き……。