ハルカを救出するため、ミハゾノ街遺跡に辿り着いたアキラ達。
ところがハルカの組織の本拠地は、旧領域と呼ばれる現実世界から手が出せない空間に存在していた。
為す術なし――そう思われた矢先、ハルカはキューブの力で本拠地を現実世界へ呼び戻すことに成功する。
アキラ達の眼前に突如として出現した高層ビル群。ついに姿を現した組織の幹部ベイス。明かされるハルカの秘密。アルファのサポートを失ったアキラに勝機は!?
その一方でミハゾノ街遺跡の騒動を歓迎する者がいた……リオンズテイル社の幹部クロエ、彼女の目的とは？