“黒の巨人"アルマロスとロンギヌスの槍による未曾有の天変地異に晒される地球…それは新たな「人類補完計画」のための“リセット”だった。
北アフリカでアルマロスに戦いを挑むも、自らの“心臓”を奪われて敗れたシンジとスーパーエヴァンゲリオン、
弐号機と融合し紅い巨人「クリムゾンA1」となって帰還を果たしたアスカ、
そして自らの存在に思い悩む二人の綾波レイ「トロワ」と「カトル」……17歳のチルドレン達が彷徨い向かう先は？

碇シンジ17歳……彼とスーパーエヴァンゲリオンは絶望的な敗北から再び立ち上がれるか？