宇宙世紀００９３。行方不明になっていたシャア・アズナブルは、ネオ・ジオン軍を再興して地球連邦政府に戦いを挑んできた。地球に人工的な氷河期をもたらすべく敢行される「隕石落とし」。多くの罪なき人々が、シャアの手によって粛正される……。だが因縁の相手アムロ・レイが、再びシャアの野望の前に立ちふさがるのだった！
アムロとシャア、最後の戦いを描く、傑作劇場作品のオリジナル版ストーリー。