《マザーシステム》暴走によるシティ神戸崩壊から４ヶ月。
　便利屋を営む《魔法士》錬とフィアは、調査に訪れたスイスの古い地下実験施設で一人の少年と出会う。
　少年の名はエドワード・ザイン。
　《魔法士》の生みの親の一人、エリザベート・ザインが生涯最後に作り出した最高の《人形使い》、そして世界に三機しか存在しない、雲上航行艦『ウィリアム・シェイクスピア』のマスターであった。
　シティ・ロンドンを脱走したエドは、追手を逃れてこのプラントに潜んでいたのだ。
　そして彼ら三人の前に現れた追手とは、雲上航行艦《HunterPigeon》を駆るヘイズとファンメイだった……。
　滅亡へ向かう近未来を舞台に、物理法則すら操る《魔法士》たちの戦いを描く、シリーズ第４弾！