暗号解読官でもある館長の孫娘は、一目で祖父が自分だけにわかる暗号を残したことに気付く。ラングドンと二人でダ・ヴィンチが絵に描きこんだ暗号を解き進むうちに、キリスト教の闇の歴史が浮かび上がる……