クラスの美化委員としてプール掃除に駆り出された智春と操緒は、美化委員長の小動物系美少女、沙原ひかりとともに排水口トラブルの調査に向かった。
度重なるトラブルで広大な地下水路に迷いこんでしまった三人は、わざとらしくも奇妙な妖怪たちの襲撃を受ける。絶体絶命のピンチを切り抜けることで、親密な雰囲気になっていく智春とひかり。しかしそこには、第二生徒会の仕掛けた狡猾な罠が張り巡らされていた。
一方そのころ機巧魔神（アスラ・マキーナ）について調べていた科學部の面々は、図書室の地下書庫から続く謎の地下遺跡を発見していた。強力な守護者に護られたその遺跡には、二巡目の世界と副葬処女（ベリアル・ドール）の秘密を解き明かす鍵が眠っていた――