ザフトから脱走し、シンに撃たれたアスランが目を覚ましたのは、アークエンジェルの艦内だった。ついに「デスティニープラン」導入を宣言したデュランダル議長の暴走を止めるべく、アスラン達は最後の戦いに挑む！