消えたハルヒは一体どこに…？ハルヒのいない世界で、キョンは“この世界の”ハルヒや古泉にようやく出会う。元の世界の長門からのメッセージは「プログラム起動条件・鍵をそろえよ」…緊迫の「消失編」第２幕！