戦略自衛隊がネルフ本部を攻撃する中、心に傷を負ったシンジは動けずにいた。そして戦自に囲まれ命を落とそうとした瞬間、彼を助けたのは父であるゲンドウだった――。そこで明かされるゲンドウの思いとは…！？