ザビ一統の領導の下、独立の機運が高まるサイド３。士官学校に籍を得たシャアは、厳しい訓練の中でガルマと心を通わせる。その頃ミノフスキー博士の理論に基づいた新兵器の開発が、重大局面にさしかかっていた。