スペシダレル伯爵率いる『黒の旗艦』ごと百年後の世界に来てしまったエマとナオ。少年となったメキト・ベスは元の世界へと彼らを戻すため、『王の文書』を手に入れようとする。一行は王の元へ向かうことに!!