謎のファンタジー世界に入り込んでしまったキリト。VRMMOチックなその空間で最初に出会った少年・ユージオ。≪NPC≫とは思えないほど感情が豊かなその少年と共に、キリトは央都≪セントリア≫に向かい、　そして、二年が過ぎた──。　キリトとユージオは、≪北セントリア帝立修剣学院≫の≪初等練士≫となり、それぞれ先輩であるソルティリーナとゴルゴロッソの指導を仰ぎながら、人界最強の秩序執行者≪整合騎士≫を目指す日々に明け暮れていた。　央都を統べる≪公理教会≫の中枢にたどり着くため、二人はあまたの障害をはねのけ、学院にわずか十二人しか存在しない≪上級修剣士≫を目指す──！ 壮大なるヴァーチャル・ワールド・スペクタクル!!