第三軌道への鍵をもつジュンたち『覇者の御旗』と、その扉のありかを知る『銀翼騎士団』が共闘し、第三軌道への道が開かれる。新たな軌道での探索と戦いが続く中、ジュンを巡るギルドメンバーの想いは深まり――