陸地国家リベリスタンの外洋で危険なクジライカ追いを生業としていた少年ラッセルは、深海で不思議な生物リヴと出会った。ユンボロの操縦性能を飛躍的に高めるリヴの能力を使い、ラッセルは安全な本土で身を立てる決意をする。一方、敵対する国家アウグストニアの大臣の娘であるスカヤは、結果の出せない日々に消耗していた。だが彼女の研究対象である謎の人型機械"イグナイト"が突如目覚め、スカヤをパイロットとして選んだことで事態は一変する。陸地に希望を抱く少年と、自由を求める少女。そして巨大船団ガルガンティアが巡り逢う地で、新たな物語が動きだす――。
カバーイラスト＆挿絵イラストは鳴子ハナハルによる描き下ろし！ またアニメ第2期用に制作されたレドたちを含む新たなキャラクターデザイン、石渡マコト（ニトロプラス）による新メカニックデザイン、世界設定資料なども多数掲載！