USNAの最強魔法師部隊『スターズ』総隊長、アンジー・シリウス少佐こと、魔法科高校交換留学生・リーナ。
　彼女の訪日と同時期に発生した『吸血鬼』事件は、彼らによる魔法科高校の襲撃、達也によるその撃退という結末で幕を閉じた。
　しかし、『パラサイト』本体は宿主から抜け出しこの世界を漂い続け、そして次の宿主を見つけ出した。
　ヒューマノイド型ホームヘルパーロボット。付近にいた光井ほのかのパターンをコピーしたパラサイト＝ピクシーは、その出自から、達也に付き従うことを決める。
　ピクシーからの情報により、『パラサイト』を理解した達也は、深雪らを連れ、残りの『パラサイト』を退治すべく、夜の青山霊園へと赴くが――。
『最強の魔法師』と別次元からの『来訪者』を巡る激突は、魔法科高校を舞台に最終決戦を迎える！