未だ普通の人間として暮らしていた中学生の暁古城（あかつきこじょう）は、入院中の妹を見舞うために訪れた病院で、アヴローラと呼ばれている少女に出会う。第四真祖の素体と呼ばれるアヴローラが、衰弱する妹の命を救う鍵だと知らされて、彼女を匿うことを決意する古城。そんな古城の前に現れた兵器商人ザハリアスは、完全な第四真祖を復活させるために、アヴローラを引き渡すように要求する。彼もまた古城と同じ、素体の所有者だったのだ。ザハリアスが仕掛けた感染爆発によって絃神島が危機に陥る中、ついに覚醒する第四真祖。その思いがけない正体に動揺する古城。