神獣級エネミー《大天使メタトロン》を撃破したハルユキ。この世界を汚染する≪ＩＳＳキット≫本体の破壊まであと少し……と思った矢先、加速研究会メンバー、ブラック・バイスとアルゴン・アレイが現れ、赤の王スカーレット・レインを拉致してしまう。　ニコを守ると約束したハルユキは、戒めを解かれた大天使メタトロンの加護を受け、ブラック・バイスを追跡する。　いっぽう黒雪姫は、現実世界からニコの回線を切断するため、楓子、謡、あきらとともに、ミッドタウン・タワーのポータルへと向かうが……。