二〇一九年八月。　地球上の、いくつかの都市部に、人類が初めて接触する地球外有機生命体が複数落下した。のちに《サードアイ》と呼ばれるその球体は、接触した人間たちに、現代科学では解明できない《力》を与えた。　ある者には、音さえ追い越す《速さ》を。ある者には、鋼さえ断ち切る《刃》を。そしてある者には、万物を噛み千切る《歯》を。　十七歳の少年、空木ミノルもその中の一人だった。彼がただ一つ望み、そして得た能力。　それは《孤独》。　絶対的な孤独を実現するその≪力≫は、しかしミノルを望まぬ戦いに巻き込んでいく。　平凡だが平穏な義姉との暮らし。そのひとときが壊されるとき、ミノルは絶対なる≪孤独者（アイソレータ）≫として覚醒する――！