「超能力」が“一般科学”として認知された学園都市で、１人の巫女が囚われの身に……。かつての敵・魔術師ステイルとともに救出作戦を決行する高校生・上条当麻の運命は!?魔術師、吸血殺し（ディープブラッド）、禁書目録（インデックス）、そして、上条当麻。すべての線が交差するとき、物語は始まる――。