天使との戦いにより忘れられない傷を負うことになった吉岡艦隊のメンバーたちに、軍艦学園の理事長ブルクハルトは非情な命令を下す。それぞれの事情を抱える艦隊メンバーたちとのすれ違いと衝突の中で、事態は最悪の方向へ――。世界の終わりをもたらす敵の襲来から人類の未来を護るため、そして仲間と自分の居場所を守るため、吉岡とエルフリーデは運命の決戦《大審判》へと挑む！
　茜屋まつりが贈る、青春学園バトル・ストーリー！