上条当麻を狙い、学園都市にローマ正教の刺客「前方のヴェント」が侵入した。彼女が操る謎の魔術により都市機能は完全に麻痺、大部分の人間は意識を失っていく……。同時に科学者・木原数多率いる武装集団も出現！魔術と科学、2つの惨事に襲われた当麻の運命は……!?