科学と魔術の学園アクション第6弾！新学期初日。 当麻が通う学校に “謎の転校生” が現れる。インデックスに初めて “ともだち” ができ、初対面の御坂美琴とインデックスの板挟みになってしまう不幸な上条当麻……。その一部始終を目撃した白井黒子が嫉妬の炎に身を焦がしているところへ、とある魔術師が襲来して大騒ぎに!?