平凡なサラリマンだったフジキド＝ケンジの日常は、唐突に終わりを告げた。マルノウチ・スゴイタカイビルでのニンジャ同士の抗争に巻き込まれ、妻子の命は奪われ、自らも重傷を負う。生死をさまよう彼に、何者かの声が囁きかける。「ニンジャに復讐せよ」と。かくして、ニンジャソウルをその身に宿したフジキドはニンジャを殺す者＝ニンジャスレイヤーとなって、復讐を果たすため闇を走る！