沈黙を破りゼーレが再びＭＡＧＩシステムへハッキングを仕掛ける。研究所では現場指揮を任されたユイがシンジ達に迎撃に向かわせる。しかし敵の攻撃を受けたシンジがその場から消えてしまい窮地に陥るのだが！？