大いなる存在・真天使を宿す少女、フィア。彼女を確保するため、幻想世界の戦闘組織・福音機関がＳＩＲＥＮへの本格侵攻を開始する。各所で始まる新約召喚と理想執行者たちの戦い。だが、それこそを望む者がいて――