飛龍・蒼龍と共に「ＡＬ／ＭＩ作戦」に臨む瑞鶴たち。だが、手薄となった本土を狙う深海棲艦の強襲により、鎮守府は壊滅の危機に陥る。仲間が帰る場所を守るべく、一人の艦娘が立ち上がる。彼女の名は、戦艦長門！