天正十八年、豊臣秀吉から減封処分を受けた伊達政宗を陥れようと、徳川家康は伊賀忍者を奥州へと差し向けた。家康の動きを察知した政宗は、精鋭忍者部隊・黒脛巾組に企ての阻止を命じる。奥州忍者戦争、ここに開幕！