ソーマとメルがファムにいざなわれ訪れた“箱船の守り人（ネフィリム）”のアジト。しかしそこは、何者かに壊滅させられた後だった。襲撃者は、世界を守るはずの教会。その事実を知ったとき、ソーマは信じてきた教会の闇を暴く決意をする。一方聖都では、教皇ディアドラが世界の滅亡を予見。箱船が人々を救うとし、民衆を街へと集めていた。　果たして古の伝説“箱船”は、人々を救うのか、それとも滅ぼすのか。人と悪魔との最後の戦い。そしてソーマとトーマ、因縁の兄弟の邂逅。すべては教会の総本山、聖都で決着する――!!