世界を破滅へと導く【ゼロの書の写本】を作り出し、世界へとばらまいた謎の組織〈不完全なる数字（セストゥム）〉。
稀代の天才魔女ゼロと獣の傭兵は、その組織の情報を得るためゼロの故郷へ向かうのだが……その途中、2人が乗る貨物船は大海原の嵐にのまれてしまう。
――命からがら辿り着いた地。そこは、神聖な竜が住まうと伝えられる“黒竜島”という名の火山島だった。
【ゼロの書の写本】の回収を急ぐ中、思わぬ足止めをくらう2人だが、その島には“魔法”が普及した国家が存在していて……。