東京の郊外、高尾山にほど近い過疎の村にある別荘で、突然爆発が起こり、一人の男が吹き飛ばされて死亡した。身元不明の被害者は、奇妙なことに手錠をはめられていた。別荘の広間には、白線で９×９のマス目が描かれており、その床下に爆弾が仕掛けられていたのだ。広間のマス目と散乱したコマから将棋盤を連想した十津川警部は、プロ棋士の中村を現場に呼んだ。どうやら人間将棋を模した詰め将棋のようだ。現場に残された駒も箱には、「第1の復讐に使用すること」と書かれていた。十津川は、この駒を作った京都の宮島三郎に会いに行き、戦争中に作られた駒の話を聞く。その二日後、捜査本部に第二の殺人を予告する脅迫状が届く。一方、大原の海岸で、喉の奥に銀将の駒を詰まらせた男性の死体が発見されて――。十津川警部、将棋の駒に隠された犯人の謎に挑む！