国籍を持たない不法移民－－通称『ベイグラント』と呼ばれる社会的弱者。主人公ライルに持ち込まれたのは度重なるベイグラントの暴走事件だった。
時を同じくして、クリアトと冷戦状態にあるヘクト連合王国からコスタス少佐が入国。少佐の目的はヘクトを裏切りクリアトに密入国したテロリスト・ヴォルフの殺害だった。
２つの事件を追う人魔調停局。だが、その背後には恐るべき陰謀が隠されていて……!?
新相棒カエデと共に、ライルはクリアトの街を疾走する。