《世界同時深緑化》により滅びた世界。
天地を貫く《生命樹（セフィロト）》に寄生して生きる、人類に残された命の残量は――72時間。

72時間の《デッドタイム》――これが地表遙か上空に生きる樹層都市の人間に定められた命の残量だ。
全人類に等しく課せられた絶命へのカウントダウンを断ち、72時間までリセットする唯一の方法――それは《生命樹》から生まれる《罪獣（グリム）》を倒し、その骸に生る"禁断の果実"を口にすること。ただそれだけだった。
デッドタイムの急激な消費と引き換えに、特殊スキルを発動させるデバイス《罪匣》を操り、禁断の果実を収穫する者たち《罪獣狩り（グリムリーパー）》。その一人である如月キサキは、妹のユイハ、相棒のロウナと共に罪獣の領域へ踏み入る。そこで彼らが出会ったのは、命の残量が無限の少女で――。
それは人類の悲願"72時間の呪いからの解放"を目指す、恐るべき陰謀の幕開けだった。