長崎で最新医術を学ぶ幕府寄合医師の矢切良衛の許に、遊女屋の女将が駆け込んできた。浪人たちが良衛の命を狙っているというのだ。小者の三造とともに、浪人たちを迎え撃った良衛は、一人を生け捕りにし、長崎奉行に引き渡すのだった。一方、大奥では、将軍綱吉の側室であるお伝の方が、自らの不妊に関する疑念を綱吉に訴えるが──。江戸と長崎で良衛の医術の成果を狙い、張り巡らされる策謀。剣豪医師にかつてない危機が迫る。