ネオサイタマを牛耳る「ソウカイヤ」を壊滅させたニンジャスレイヤーは、次なる標的ニンジャ組織「ザイバツ」の本拠地、キョート行きのシンカンセンに乗り込む。だがその車中にはザイバツ・ニンジャの影が……！