世界で一番清潔で規律正しい場所、東京。管理された犯罪の無い街で人々が豊かに暮らす一方、東京から隔絶された外側の世界は《やつら》に滅ぼされようとしていた。
世界に《やつら》が現れてから数年。新米ハンターの碓氷悠介と、女の子らしい服装にこだわりを持つ汐見坂吹雪らは、ハンターチームの一員として《やつら》から人間を護る任務を請け負っていた。感染に怯える住民が立て籠もる高層タワーや執拗に特定の血液を求める街など、さまざまなトラブルを抱えた地を巡るうちに、碓氷たちは人々が抱える闇と、この世界に隠された真実を知る。