大熱波が去り、復旧モードの学園都市。そこは、通信インフラが寸断された混乱の影響で、『警備員（アンチスキル）』達さえ手綱の握れぬ無法地帯となっていた。
そんな学園都市を、上里翔流帰還を信じる『上里勢力』の少女たちが、自由気ままに暴れ回る！
追跡のエキスパート『辿り屋』絵恋、直接戦力を得意とする変幻自在の海賊少女の琉華、ネットを駆使して大衆を操る幽霊少女の冥亞……。木原唯一に『右手』を盾にされ、上条当麻抹殺を命じられた彼女達だが、その芯は変わらない。想い人を取り戻す。その信念ゆえに突き進む。
全てを賭して襲い来る少女達から逃走する上条。彼の味方は、『上里勢力』からたった一人ついてきたＵＦＯ少女・府蘭だけだった。
しかし、間違ってはいけない。
この劣勢状況下こそ、上条当麻の真髄が発揮される時。
さあ、上里翔流を救え。
彼女達の哀しい暴走を止め、この争いに終止符を打つために。