盤状都市クロノスエンドで困っている人々を助ける日々を送るユッカ・ラーティカイネン。 ある日、彼の元にルナと名乗る少女が訪ねてくる。 彼女は地下組織の一員で、自分の個人的な依頼を受けて欲しいのだ、という。テロの片棒を担ぐ気はない、と断るユッカ。しかし、彼女の生い立ち――街を支配する組織・《時計塔》の研究所で保護され、それ以前の記憶が無い――を聞いてしまったことで、仕方なく彼女を手伝うことに。
ところが、彼女の過去を探す中で、《時計塔》に所属する最強の能力者たちが二人の行く手に立ちはだかり――