ぼくが授業中のうたた寝から目を覚ますと、教室が空っぽになっていた。教室だけじゃない、街にも家にも誰もいない。世界から人間が消えた……と思いきや、ひとりだけ――士道花織が残っていた。いつも不機嫌に眼光鋭く、周りに命令ばかりしている彼女のあだ名は、”魔女”。そんな士道さんによると、世界を元に戻すためには京都へ行く必要があるらしい。こうして、理屈屋で意地っ張りで、とびきり可愛い”魔女”とぼくとの短い旅が始まった。