タイムマシンが直るまで白亜紀にとどまることになったXベンチャー調査隊。海辺でゆっくりしていたら、突然、火山が噴火！　島が沈み、ラボで海に逃げるが、エンジンが故障してしまう。ストーンが修理のために海中へ出るが、渦巻きに巻き込まれて行方不明に。小型潜水機で探しに出るレインとショーンだったが、海の中には凶暴なモササウルスがひそんでいた！　ストーンを救うため、必死にモササウルスと戦うレインたち。そして3人の過去の友情の物語が語られる――。