なぞ解（と）きが大好きなライラと、手品が大好きなジェイクは、仲良しのふたごのきょうだい。
学校の休み時間に、担任（たんにん）の先生が消えた！
先生が受け取っていた「暗黒博士（はかせ）」からの脅迫状（きょうはくじょう）を見つけて、誘拐（ゆうかい）事件（じけん）だと考えた2人は、
天才マジシャンの幽霊（ゆうれい）ウォルドに助けをもとめる。
ウォルドは、暗黒博士のことを知っていた！　博士のなぞめいた研究室のことも。
そして、2年前に姿（すがた）を消した2人の母親の研究を博士がねらっていたことも知る。
2人は、ウォルドーに教えてもらった地下通路を通って、研究所の場所をつきとめようとするが──。

大人気『暗号クラブ』のコーディも、登場するよ！