『結城友奈は勇者である』より2年前の神世紀298年。小学6年生の鷲尾須美は、乃木園子、三ノ輪銀とともに、謎の怪物・バーテックスから世界を守る戦いを続けていた。進化し続けるバーテックスを倒すために、須美たちには「勇者システム」が与えられた。じつは、そのシステムを発動するためには勇者が過酷な犠牲を払わねばならないのだが、その事実を知らされぬまま須美たちは最終決戦へと赴く――!!