天災とも称される伝説の巨神『シン』。心臓部にあるという魔石『時の巨神将』を目指す勇者は、一瞬のスキから巨神の体内へと取り込まれてしまう。
　目覚めた勇者は記憶を失い、精霊の加護もなくなっていた。そこに現れたのは、杭が胸を貫き、いつからここにいるのかも分からない、銀時計を持った少女・アイア。二人は勇者の記憶と出口を見つけるため、巨人の心臓部へと向かう。
　罠で溢れたダンジョンを進む中、勇者が次の部屋への扉を開くと、突如、何者かに背中を押され、奈落の底へと真っ逆さまに落ちていってしまい──。
「悪いけど、これでおしまいです。さよなら、勇者様――」